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Author: avallecam

instructors/data/02-practical-activity-2-fr.R

@@ -1,4 +1,7 @@
-# Activity 5
+# nolint start
+
+# Practical 2
+# Activity 1
 
 # étape: donner le numéro du groupe
 room_number <- #<À COMPLETER> replace with 1/2/3/4

instructors/data/03-practical-activity-1-fr.R

@@ -0,0 +1,93 @@
+# nolint start
+
+# Practical 3
+# Activity 1
+
+# étape: donner le numéro du groupe
+room_number <- #<À COMPLETER> replace with 1/2/3/4
+
+# Load packages -----------------------------------------------------------
+library(epicontacts)
+library(fitdistrplus)
+library(tidyverse)
+
+
+# Importer les données d'entrées------------------------------------------------
+# étape : copier et coller le lien fourni dans le fichier google doc.
+
+dat_contacts <- readr::read_rds(
+  "link/to/contact/data/url"#<À COMPLETER>
+)
+
+dat_linelist <- readr::read_rds(
+  "link/to/linelist/data/url"#<À COMPLETER>
+)
+
+
+# Créer un objet de type epicontacts -------------------------------------------
+# étape : Créez un réseau de contacts *dirigé* à l'aide 
+# des données saisies dans la liste de lignes et les contacts.
+# Collez une capture d'écran du réseau dans le rapport.
+
+epi_contacts <- epicontacts::#<À COMPLETER>
+
+# Imprimer la sortie
+epi_contacts
+
+# Visualiser le réseau de contacts
+contact_network <- epicontacts::#<À COMPLÉTER>
+
+# Imprimer la sortie
+contact_network
+
+
+# Compter les cas secondaires par sujet -----------------------------------------
+# étape : Calculez le *degré sortant* pour chaque nœud (cas infectieux)
+# dans le réseau de contacts, en utilisant *tous* les cas observés dans la liste.
+# Collez l'histogramme obtenu dans le rapport.
+
+secondary_cases <- epicontacts::#<À COMPLETER>
+
+# Tracer l'histogramme des cas secondaires
+individual_reproduction_num <- secondary_cases %>%
+  enframe() %>% 
+  ggplot(aes(value)) +
+  geom_histogram(binwidth = 1) +
+  labs(
+    x = "Number of secondary cases",
+    y = "Frequency"
+  )
+
+# Imprimer la sortie
+individual_reproduction_num
+
+
+# Ajuster une distribution binomiale négative -----------------------------------
+# étape : Utilisez le vecteur avec le nombre de cas secondaires par cas infectieux
+# pour ajuster une distribution binomiale négative à l'aide de {fitdistrplus}.
+# Collez les paramètres de sortie dans le rapport.
+
+offspring_fit <- #<À COMPLETER>
+
+# Imprimer la sortie
+offspring_fit
+
+
+# Estimer la proportion de nouveaux cas à partir d'un groupe de cas secondaires ----
+# étape : Utilisez {superspreading} pour calculer la probabilité (proportion)
+# de nouveaux cas provenant d'un cluster d'une taille donnée (taille du cluster),
+# en utilisant comme données d'entrée les paramètres de distribution des descendants :
+# le nombre de reproduction et la dispersion.
+# Collez le résultat obtenu dans le rapport.
+
+# Définir la graine pour le générateur de nombres aléatoires
+set.seed(33)
+
+# Estimer la probabilité de nouveaux cas provenant d'
+# un groupe de transmission d'au moins 5, 10 ou 25 cas
+proportion_cases_by_cluster_size <- #<À COMPLETER>
+
+# Imprimer la sortie
+proportion_cases_by_cluster_size
+
+# nolint end