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Author: avallecam

instructors/data/02-practical-activity-1-fr.R

@@ -0,0 +1,103 @@
+# nolint start
+
+# Pratique 2
+# Activité 1
+
+# étape : indiquez votre numéro de chambre
+room_number <- #<COMPLETE> remplacer par 1/2/3/4
+
+# Charger les paquets -----------------------------------------------------------
+library(epiparameter)
+library(EpiNow2)
+library(tidyverse)
+
+
+# Lire les cas signalés -----------------------------------------------------
+# étape : Coller les liens URL sous forme de chaîne pour lire les données d'entrée.
+
+# pour covid
+dat <- read_rds(
+  "paste/link/url/here/covid"#<COMPLETE>
+) %>%
+  dplyr::select(date, confirm)
+# ou
+# for ebola
+dat <- read_rds(
+  "paste/link/url/here/ebola"#<COMPLETE>
+) %>%
+  dplyr::select(date, confirm = cases)
+
+
+# Vérifier le format des données d'incidence ----------------------------------------
+# étape : Vérifier les noms des colonnes dans les données d'incidence
+# correspondre aux exigences d'EpiNow2 concernant les noms des colonnes : date et confirmer
+
+dat
+
+# Définir un temps de génération de {epiparameter} à {EpiNow2} ---------------
+
+# étape : accéder à un intervalle sériel
+dat_serialint <- epiparameter::epiparameter_db(
+  #<COMPLETE>
+)
+
+# étape : extraire les paramètres de l'objet {epiparameter}
+dat_serialint_params <- epiparameter::#<COMPLETE>
+
+# étape : adapter {epiparamètre} à l'interface de distribution {EpiNow2}
+dat_generationtime <- EpiNow2::#<COMPLETE>
+
+
+# Définir les délais entre l'infection et la déclaration du cas pour {EpiNow2} -----------
+
+# étape : définir le délai entre l'apparition des symptômes et la déclaration du cas
+# Vous devez interprétez la description fournie dans le tableau Entrées
+
+dat_reportdelay <- EpiNow2::#<COMPLETE>
+
+# étape : définir un délai entre l'infection et l'apparition des symptômes
+dat_incubationtime <- epiparameter::epiparameter_db(
+  #<COMPLETE>
+)
+
+# étape : période d'incubation : extraire les paramètres de distribution
+dat_incubationtime_params <- epiparameter::#<COMPLETE>
+
+# étape : période d'incubation : discrétiser et extraire la valeur maximale (p = 99 %)
+dat_incubationtime_max <- dat_incubationtime %>% #<COMPLETE>
+
+# étape : période d'incubation : adaptation à l'interface de distribution {EpiNow2}
+dat_incubationtime_epinow <- EpiNow2::#<COMPLETE>
+
+# étape : impression des données requises
+dat_generationtime
+dat_reportdelay
+dat_incubationtime_epinow
+
+
+# Définir le nombre de cœurs parallèles pour {EpiNow2} --------------------------
+# étape : exécuter cette étape de configuration
+
+withr::local_options(list(mc.cores = parallel::detectCores() - 1))
+
+
+# Estimer la transmission à l'aide de EpiNow2::epinow() ---------------------------
+# étape : exécuter epinow() en utilisant les cas d'incidence et les délais requis
+# avec les fonctions EpiNow2::*_opts() pour le temps de génération, les délais et stan.
+
+estimates <- EpiNow2::epinow(
+  data = dat,
+  #<COMPLETE>
+  stan = EpiNow2::stan_opts(samples = 1000, chains = 3)
+)
+
+
+# Imprimer les résultats du graphique et du tableau récapitulatif ------------------------------------
+# étape : coller les résultats du graphique et du tableau dans le document partagé
+
+summary(estimates)
+plot(estimates)
+
+# étape : répondre aux questions dans le document
+
+# nolint end